Auch bei der Gewerbesteuer gilt das Prinzip, dass Erstattungszinsen steuerpflichtig sind, während Nachzahlungszinsen nicht als Betriebsausgaben abgezogen werden können.

Über die Besteuerung von Erstattungszinsen ist in der Vergangenheit viel prozessiert worden. Doch nachdem der Fiskus ein Nichtanwendungsgesetz zu einer steuerzahlerfreundlichen Entscheidung des Bundesfinanzhofs angestoßen hatte, galt das Thema eigentlich als erledigt. In der Regel bezogen sich die Klagen aber auf Zinsen zur Einkommen- oder Körperschaftsteuer. Der Bundesfinanzhof hat die geltenden Prinzipien nun auch für die Gewerbesteuer bestätigt: Zinsen für die Erstattung von Gewerbesteuer sind als Betriebseinnahme zu erfassen, während Nachzahlungszinsen nicht als Betriebsausgaben abziehbar sind.

In der ungleichen Behandlung von Nachzahlungs- und Erstattungszinsen sieht der Bundesfinanzhof auch keinen Verstoß gegen den Gleichheitssatz des Grundgesetzes. Dass Erstattungszinsen besteuert werden, solle lediglich zu einer Gleichstellung führen zwischen Steuerzahlern, die ihre Steuererstattung früher erhalten haben und diese zinsbringend anlegen konnten und denjenigen, bei denen die Erstattung erst später und dann mit Erstattungszinsen ausgezahlt wird.